Al tener detectada sólo una yo creo que has hecho bien. Hombre, también podías haber sacado la roca y eliminado mecánicamente la parte donde estaba la aiptasia para asegurarte de que no quedaban restos.
El problema con las aiptasias es la capacidad de multiplicarse que tienen. Si se usan métodos como el vinagre o preparados químicos hay que asegurarse de hacerlo muy bien, pues si se ven atacadas parece ser que tienen la capacidad de soltar "hijos" al verse en peligro.
Mi experiencia es que en un primer momento me salieron tres. Las eliminé con vinagre y poco a poco empezaron a salir más, no sé si por que iban a salir de todos modos o por lo dicho anteriormente de que sueltan descendencia.
También he usado el Aiptasia X de Red Sea, pero no dejan de salir, asi que de vez en cuando las elimino. Ya me estoy planteando la compra de alguna gamba adecuada (unos dicen la lysmata seticaudata y otros las wurdermanni) o de algún pez de los que te han comentado anteriormente.
En resumen, que siempre que haya pocas y se pueda, yo creo que lo mejor es sacar la roca y eliminarla fuera.