La cianobacteria puede proliferar perfectamente con nitratos a 0. De hecho cuando sale suele ser por un desequilibrio de nitratos-fosfatos (que uno esté alto y el otro bajo o cero total, vamos, descompensados). Tener nitratos y fosfatos a cero no te garantiza no tener riesgo de cianobacteria, de hecho se recomienda no llegar al cero total en ningún caso tanto de nitratos como de fosfatos, precisamente para evitar la aparición de cianobacteria y dinoflagelados, que son los primeros en aprovechar desequilibrios para aparecer.
También suele salir mucho cuando se hace un cambio de iluminación (de fluorescentes a leds, o poniendo una pantalla más potente o con espectro diferente de la que se tenía antes).
Otra cosa que favorece a la cianobacteria es que los tubos T5 estén muy gastados o que no haya corriente suficiente en el acuario.
Las claves para que no salga cianobacteria son tener buena corriente por todas las zonas del acuario, tener un fotoperíodo normal, tener los nitratos-fosfatos compensados y dejar que madure el acuario bien.
Para eliminarla se puede ir sifonando y hay varios productos en el mercado como el cianoclean, y hay gente que utiliza agua oxigenada (hay un post en el foro que lo explica muy bien, con dosis y todo). También hay gente que ha usado antibióticos como la amoxicilina para eliminarla, pero hay que tener mucho cuidado con la dosis para no cargarse la colonia bacteriana del acuario.
Pero que vamos, por mucho que la elimines... si no eliminas la causa te volverá a salir a los pocos días.