Por lo que yo he leído sobre el acuario y las algas, te puedo decir lo siguiente:
Las filamentosas y cianobacterias van a estar presentes en el acuario hasta que este maduro (ojo, no es lo mismo que ciclado), y cada vez que hagas un cambio importante en las rutinas del acuario. Estas algas siempre están en el acuario (otra cosa es que no crezcan y no las veamos), si los fosfatos y nitratos están en equilibrio no tendrás problemas, si la balanza se inclina hacia los po4 tendrás filamentosa y si es hacia los no3 aparecerá la cianobacteria. Este equilibrio se alcanza cuando la colonia bacteriana este asentada y cumplas los requisitos de skimado, luz, circulacion, cantidad de roca viva, no acumular porqueria en perlones, filtros.....
Es posible que tu tengas diatomeas, en este caso habría que bajar los silicatos o aumentar la luz. Si por el contrario son dinos..... estás jodido... xDDDD son muuuuyyy duros.
Creo que estas son las algas mas comunes en los acuarios. Como ya te dije antes, mucha paciencia y aditar bacterias y cambios de agua (con agua de osmosis) puede ayudar con el problema. 1 saludo