Hola Marcos, piénsalo desde este punto de vista: El acuario en un ecosistema donde todos los organismos, desde las bacterias a los peces, conviven intercambiando nutrientes y productos de desecho con el agua. Un producto de desecho de un organismo es también el nutriente de otro, por ejemplo, el amoniaco que liberan los peces es alimento para las zooxantelas de los corales. Las algas asimilan amoniaco, nitrato y fosfato, que convierten en sus tejidos, usando también luz y CO2 disuelto.
Cuando estaban los peces y las anémonas, todo este proceso de reciclado estaba más o menos ajustado, de forma que no había plagas de algas, ya que su crecimiento estaba controlado e inhibido por factores como disponibilidad limitada de luz (suposición), flujo rápido de nutrientes (lo que se genera se consume rápido), espacio limitado, etc. Al morir los peces, anémonas, y alterarse la disposición de la superficies disponibles, el ecosistema tiene que volver ajustarse/equilibrarse, por eso ha empezado una nueva sucesión bentónica, durante la cual bacterias, algas, fitoplancton y zooplancton intentan dominar el espacio disponible interfiriéndose entre si.
Te preguntaba si la roca con la que montaste el acuario era roca viva, porque es la mejor forma de establecer una red trófica robusta que posteriormente amortigüe la aparición de plagas y nuevas sucesiones bentónicas. Con un microscopio de 400x puedes verificar si tienes dinoflagelados. En cualquier caso, te recomiendo que uses el carbono orgánico, porque te ayudará a robustecer tu colonia de bacterias heterótrofas que irán desplazando a las algas progresivamente. Controla bien las dosis de carbono, asegura buena oxigención con el skimmer y movimiento de agua, y monitoriza el pH , que tenderá a bajar un poco. El efecto del carbono orgánico es muy potente porque actúa en todo el volumen de agua y facilita que los biofilms bacterianos heterótrofos colonicen todas las superficies del acuario, es decir, es decir, no sólo hay efectos en entornos localizados (como los producidos por copépodos y otros herbívoros), sino globalmente. Se trata de una inhibición por interferencia química, no por pasto o depredación.
Recuerda lo que te comenté de añadir corales resistentes lo antes posible. Pero necesitas peces para que el flujo de nutrientes esté balanceado. Un acuario con corales pero con pocos peces te dejará el agua sin nitrato ni fosfato, y eso es lo que debes evitar a toda costa . Los peces generan nutrientes, los corales los consumen en neto. Con nutrientes indetectables las algas nunca se irán de ahí, porque no habrá nada que las inhiba.
Los corales son el mejor sistema de filtración.