Depende sobretodo de si la roca que compras está cuarada o no (preguntale al vendedor).
Si la roca está cuarda puedes pasarla directamente al acuario, con lo que en principio conseguiras que sobreviva el mayor número de organismos (mayor biodiversidad), si no es mejor curarla fuera del acuario, aunque sea en un cubo a oscuras, inyectando un poco de aire o con una pequeña bomba con lo que evitas picos de amoniaco y subidas de nitratos.
Lo del agua dulce no me termina de gustar, implica un cambio muy brusco en el pH lo que puede matar muchos microorganismos y producir un pico de amoniaco ... para ver si hay bichos indeseables tipo gusanos, mantis es mejor darle un baño con agua con mayor salinidad (por encima de 1030) que no matará a nadie (el pH es similar) y hará que los bichos salgan de la roca.
Lo de limpiarla a mano, pues no sé, quizás si ves algún tipo de filamentosa, gusanos, esponjas muertas o algo similar... pero puedes estar eliminando biodiversidad.
En cualquier caso, Siempre es recomendable tenerla en cuarentena durante un tiempo (con buena circulación e iluminaición para ver si salen algas o alguna otra plaga). Lo que pasa es que no siempre disponemos de un acuario para cuarentena.