A ver, si se atasca la bomba de subida (o se va la luz), el agua del sump dejará de subir al acuario, y el agua del acuario segirá cayendo al sump por gravedad (únicamente el agua que esté en el rebosadero, más el agua de la tubería de bajada, más el agua del skimmer que se saldrá en el sump en caso de que se hubiera ido la luz), de modo que tienes que calcular esa cantidad de agua (que serán pocos litros) y dejar ese margen de seguridad en el sump, es decir, no llenar el sump más allá de esa línea de seguridad o se te desbordará el sump.
Si lo que se atasca es la bajada al sump (por entrada de algún pez, caracol, alga o lo que sea), dejará de caer agua del acuario al sump, PERO como la bomba de subida del sump al acuario seguirá funcionando, se te puede desbordar el acuario ya que seguirán subiendo litros de agua desde el sump al acuario sin que éste último vaya dejando caer agua al sump. Esto lo puedes solucionar poniendo dos tubos de bajada (por si uno se obstruye que haya otro de seguridad), poniendo una rejilla muy fina sobre el rebosadero para evitar que entren animales, o poniendo una sonda de nivel en el rebosadero para que por debajo de un cierto límite se pare la bomba de subida, de modo que sólo haya podido subir pocos litros.
Respecto a tu pregunta inicial, como te han dicho los compañeros, si haces un agujerito pequeñín justo por encima del nivel de agua, si hay problemas se descebará y no hará el efecto sifón que temes.
Espero haberte ayudado.