Yo no lo apagaria, el Skimmer ademas de sacar kk, tiene otro cometido, el de airear y enriquecer el agua aumentando la concentracion de oxigeno disuelto, esto es bueno para el acuario y aun que de momento no lo necesitas, pues mejor que este a que no este.
Una solucion de compromiso seria encenderlo unas horas, por ejemplo, apagarlo por la noche o viceversa.
Suerte