Es complicado el tema.
Teóricamente la arena tiene la función del albergar distintos organismos que son beneficiosos para el acuario, ya que transforman y descomponen los desechos. Es lo que se llama DSB, pero para ello se deben tener al menos 8-10 cm. Algunos mantienen un DSB pero en el sump, ya que en el principal sería demasiado y estéticamente no queda muy bien. No entiendo mucho sobre el tema, pero es lo que he leído.
En principio si metes 2 o 3 dedos no tendrás un DSB, pero algunos organismos lo habitarán, y estéticamente queda más natural.
Pienso que la arena da un aspecto más natural y es menos laboriosa. Si no tienes nada, deberás sifonar periódicamente el fondo para limpiar todo lo que se desprenda de las rocas, aunque si lo mantienes limpio queda muy curioso y minimalista. Por otro lado, pienso que la gente que no tiene arena es porque sólo mantienen básicamente sps, ya que si tienes lps, blandos, tridacnas, etc. muchos de ellos irán en la arena, al igual que si quieres tener gobios areneros.
Es una idea muy básica y puede que contenga algún error, pero creo que servirá para que te hagas una idea.
Saludos.