No se si sera el caso pero te lo digo por mi experiencia, hace tiempo tenia algas cada dos por tres, en mi caso fue problema de la iluminación.
Mi acuario se encuentra en una habitación donde no le da la luz directamente del sol, pero si que es capaz de iluminar el acuario, el caso es que antes( cuando tenia problemas de algas) la iluminación se enchufaba sobre las 17:00 y se apagaba sobre las 23:00... en este caso el problema es que sin darme cuenta recibía muchas horas de luz, era como sumar las horas de luz de la pantalla y las horas de luz del sol (Que empieza a iluminar a las 10:00 mas o menos)...
Ahora la iluminación la tengo mas horas y misma potencia y no tengo problemas de algas, la pantalla se enchufa sobre las 10:00 y se apaga sobre las18:00..
No digo que tu problema sea el mismo ya que no se el ciclo de luz que tienes, pero creo que esto que he dicho es algo a tener en cuenta a la hora de decidir las horas de luz, si un acuario recibe luz natural...
Un saludo.. espero ayudar en algo..