Es muy difícil evitar completamente las burbujas en el Sea Clone (creo que hay un correo bastante antiguo sobre el tema). Yo usaba una paridera de guppies en la salida del skimmer con lo que evitaba que llegasen las burbujas al resto del acuario.
El problema es que si cierras mucho la entrada de aire, hay mucha circulación de agua y esta arrastra las burbujas al acuario, pero si lo abres demasiado las burbujas son demasiado grandes y no tienes suficiente corriente por lo que no espuma bien.
Tienes que ajustarlo en un punto medio donde haya el mínimo posible de burbujas pero que espume bien. Para ello sólo tienes la opción de regular la entrada de aire (cambia la llave que viene de serie por una de esas de presión que son mucho más cómodas y son muy baratas). El problema es que lo tienes que andar reajustando cada poco tiempo (es importante no poner la esponja en la entrada de la bomba).