Está claro que todas las vibraciones que haya en el agua les van a molestar (igual que a ti los ruidos), lo que yo no es es cuanto les pueda molestar..... Me explico, los peces que vivan cerca de la costa tienen que tener vibraciones por el romper de las olas contínuamente, además de que al ruido se acostumbra uno (siempre que no sean excesívamente altos claro).
Vamos que cuanto más se puedan reducir las vibraciones mejor, tanto por los peces como por nosotros (a mayores vibraciones más ruido), pero no creo que sea algo excesivamente preocupante.
Un saludo