Remodelacion dudas

Hola a todos,me he decidido a quitar la arena,quitar el filtro exterior y montar las rocas sobre rejillas,A ver si asi termino la lucha contra las filamentosas, he cepillado y he quitados las filamentosas.El problema que tengo es que si he cepillado las rocas y he quitado el filtro exterior .Existira todavia las bacterias o tengo que añadirle mas baterias.
Gracias, por los consejos anteriores.
Aclararme estas dudas, por favor

tendras bacterias suficientes dentro de las rocas. De todas formas como precaucion hasta que se desarrolle mas la poblacion, no metas muchos animales de golpe