Pues sinceramente, si son muchas no estoy seguro que las elimine, si son muchas quiere decir que han tenido tiempo para crecer y reproducirse, por lo que habrá algunas de un tamaño considerable...te digo varias cosas por si puedes hacerlas todas.
1.- Introducir un mitrax (no se si podrás dos mitrax, depende del tamaño de tu acuario).
2.- Un siganus vulpinus (el flacescens ni idea), de todas formas, he leido que tienes que acostumbrarlo a comerlas, en plan como si fuera alga norit (cogiendo la piel de una valonia y mezclándola con el alga norit, sujeta con una goma al imán de limpieza por ejemplo), supongo que si no lo acostumbras así, tardará más en dar cuenta de ellas, según parece va antes a por las que están en suspensión que a por las que están en la roca.
3.- Al hacer los cambios de agua, hazlos con una goma con un diámetro un poco más ancho que el diámetro de las valonias, así al vaciar el agua aprovechas y también eliminas valonias, algunas se romperán cuando le pongas encima la goma, pero la mayoría de las esporas que soltarán serán también absorbidas por la goma.
4.- Intenta quitarlas manualmente.
Un saludo.