no te entendí muy bien cuando dices si puede funcionar uno de día y otro de noche, explica un poco mejor el tema, si te refieres a por la luz es perfecto y si tan comunicados mejor que mejor, así el pH por la noche no bajará y si te refieres, que no creo, a que deje de funcionar uno por completo para que empieze el otro como que no, el movimiento nodebe de cesar en el acuario de forma continuada, es lo que te oxigena las rocas y me refiero a que tiene que mover el 100% del agua del acuario y no me vale un chorrito que pase de un acuario a otro, por el skimmer, si el movinmiento es bueno sí que puedes alternar el funcionamiento con ambos acuarios, pero como te digo y repito..siempre y cuando el movimiento de los dos acuarios sea bueno y el intercambio de agua de unbo a otro sea grande.