Siempre puedes pasar un cuchillo entre la roca y la peana y se te quedara el árbol pegado a la roca y ya con ella haces lo que quieras, volver a pegarla a tu roca con epoxi o encajarla en algún agujero etc. Yo no separaría el árbol de la roca ya que puede que son mas los riesgos a quedarte sin el que no las ventajas de cortar por ahí.
Otra opción es esperar que la peana donde va sujeta se llene de coralina y el coral crezca y acabe desaparecida, que es la opción mas viable jejeje. Yo solo separo algunos duros de la base, los zoos y demás blandos los dejo siempre sujetos ya que crecen muy rápido.