Generalmente las anemonas se suelen mover por el acuario buscando su sitio (corriente, calida del agua, iluminacion, etc) yo te recomiendo que intentes protegerla de las aspas bomba de alguna forma o cambiar la bomba por alguna con las aspas cerradas y la succion con prefiltro sino es probable que acabes teniendo algun percance. Cambiar la bomba de sitio no creo que sea la solucion, es mi humilde opinon.
Saludos.