Debería ser lo mismo sí. Hay que tener en cuenta que los equipos de ósmosis requieren un mantenimiento (creo que es muy poco) pero hay que estar algo atentos a los cambios de las membranas (para que el agua siga siendo "pura"). También tienes que tener en cuenta que el agua destilada debe ser agua destilada de verdad y apta para acuarios (aunque la mayoría lo son, cuidado).
En el pasado tuve un equipo de ósmosis inversa (quizá no era muy bueno el equipo) pero donde resido el agua es tan mala (barcelona ciudad) que tenía que cambiar las membranas más de lo "habitual" así que decidí comprar agua destilada que, al ser yo un vago, me iba mejor y tampoco me salía muy cara (1.09 € la garrafa de 5 litros en el Caprabo).