Efectivamente, como dice A-L-M quitas el pulmón del acuario, justo cuando más falta le hace (porque las algas consumen oxígeno de noche). Date cuenta de que, aparte del propio filtrado, la oxigenación del agua que consigue un skimmer es brutal si la comparamos con la que obtienes con recirculación o por la bajada al sump. Cuando lo apagas, esa oxigenación la detienes. Bajarás el potencial RED-OX.
Digamos que provocas más fluctuaciones en tu ecosistema que si lo dejaras conectado. Si el ecosistema lo soporta, pues vale. Aunque sabes que , a veces, eso marca la diferencia entre salir de una enfermedad o no.....