Hola Germán, lo primero sería interesante saber si lo que tienes son cianos o diatomeas o ambas

... una foto podría ayudar.
La diferencia fundamental es que las diatomeas necesitan silicatos para desarrollarse mientras que las cianos no. Generalmente crecen en condiciones similares por lo que más probable es que tengas de los dos tipos de algas. Los silicatos sólo pueden actuar de limitante del crecimiento con las diatomeas, por lo que si disminuyes los silicatos posiblemente conseguirías disminuir las diatomeas pero con toda probabilidad aumentarían las cianos, de hecho hay quien adita silicatos al acuario para reducir las cianos
Por lo que dices las cianos llevan tiempo en el acuario, si es asi va a ser muy difícil acabar con ellas

Existen dos formas de acabar con estas algas: por competencia con organismos superiores o por limitación de nutrientes.
En tu caso, si las algas han colonizado las rocas por mucho tiempo será muy difícil acabar con ellas vía limitación de nutrientes ya que los habrán fijado a la roca y aunque los test te den valores indetectables no tendrán problemas para seguir creciendo ... la solución en este caso pasaría por cocinar la roca (si tienes intención de volver a empezar yo lo haría, es lo más fácil).
La otra opción es acabar con ellas vía competencia con organismos más desarrollados: macroalgas (en este caso un refugio podría ayudar), coralina, corales, ... para lo cual tendrás alterar las condiciones actuales para que crezcan estos y no las cianos (posiblemente aumentando nutrientes, variando la iluminación, las corrientes, ... en definitiva favoreciendo el crecimiento de los otros).
Sobre lo que te comenta Devil Sea (... no le hagas caso que de algas no entiende ... como el no tiene

, en cambio yo tengo muchísima experiencia en luchar contra las algas

):
Sifonarlas: Ok, es una ayuda una forma de exportar algunos nutrientes ... pero volverán a salir al día siguiente.
Limpiar las rocas con un cepillo: No sirve de nada sino lo haces fuera del acuario o tienes un filtro mecánico con el que extraerlas luego.
Yo usaba un sistema más eficaz y muy simple que consistía en poner una redecillas encima de las rocas y la arena donde crecían más y luego las limpiaba fuera del acuario).
Reducir la alimentación de los peces: ¡Gran error!... otro tópico... a no ser que estés sobrealimentando y sobre alimento. El metabolismo de los peces seguirá funcionando igual, primero quemando reservas y posteriormente perdiendo masa muscular hasta que muera (y contamine todavía más) , es decir seguirán contaminando lo mismo aunque no les des de comer. En todo caso puedes reducir la biomasa del acuario.
Resinas antisilicatos: mídelos primero, posiblemente no tengas o sean indetectables. Si las pones seguramente cambiarás diatomeas por cianos... en cualquier caso puedes probar
Colocar algun animal limpiador (tectus, strombus): Siempre ayuda, pero no vas a encontrar ninguno que coman cianos o diatomeas, además necesitarías un regimiento ...
Ver la posibilidad de hacer un refugio de algas (en el sump, o aparte): Esto si que te lo recomiendo, y si no puedes no es mala idea poner macros en el acuario.
Enfocar las bombas hacia donde veas que crecen mas: Si son diatomeas es efectivo, si son cianos no, puedes probar aunque posiblemente lo único que consigas sean pequeñas mejoras locales.