Yo te recomendaría un apagón de 4 o 5 días, pero completo. Tapa todo con cartones, plástico o lo que sea. Yo me dejé una esquinita y ahí sobrevivió. La ciano no soporta la falta de luz y sin embargo los organismos fotosintéticos superiores tienen sus reservas y lo soportan perfectamente. La muerte de la ciano provocará una subida de nutrientes que tienes que combatir con espumador y carbón activo. Algunas cianos al morir son tóxicas y el carbón es fundamental. Retira con un salabre y sifonando toda la ciano que puedas. Yo apagué bombas y utilicé una bomba potente para desprender la poca ciano que quedaba, y utilicé un salabre para retirarla. Al finalizar el periodo de oscuridad introduce una gran población de herbívoros como diversas especies de caracoles y algún erizo pequeño. En peces los zebrasoma y los signatus vulpinus son excelentes comedores de algas. Estas especies de herbívoros son en realidad obligatorias en todo arrecife sano.
Las medidas habituales para limitar nutrientes como cambios de agua, macroalga o resinas antifosfatos serán de ayuda si los parámetros no fueran correctos.
Como siempre cada acuario es un mundo y lo que me funcionó a mi no tiene necesariamente que funcionarte a tí. El apagón al menos si que sirve para resetear el acuario y darle la oportunidad a otras algas y bacterias de colonizar la superficie que ocupaba la cianobacteria. Soy totalmente contrario al uso de antibióticos, porque matarán todas las bacterias imprescindibles para la buena filtración de tu acuario.
Un saludo.