Las dos veces que he hecho un cambio de acuario las he hecho igual y no he tenido problema alguno, es similar a lo que dices. Te comento:
Empiezas a llenar el nuevo de agua con sal y aprovechando un cambio importante de agua del Sera se lo añades al 250 para terminar de llenarlo , metes la roca que vayas a necesitar adicional (si es viva mejor o que venga de otro acuario) o sino quita alguna del Sera y la pones en el 250, adita bacterias (yo además eché media copa de mierda del skimmer, a la vieja usanza) y pones a funcionar el sistema nuevo.
Cada día hacía un transvase de agua entre los dos acuarios, midiendo parámetros todos los días no tuve ninguna variación, en 8-10 días si no recuerdo mal añadí todo al otro, hice el aquascaping, añadí bacterias y perfecto. En el último cambio que hice, creo que el último día conecté los dos sistemas definitivamente para terminar de asegurarme que los dos acuarios tenían los mismos parámetros, previa comprobación de parámetros claro.
Puntualizo que al cambiar definitivamente de acuario no añadí el agua que quedaba en el otro, ni la arena. Es más, aproveché para lavar la roca con agua a presión del mismo acuario (con la bomba de subida y una manguerita) para que al ponerla en el otro no quedase nada de polvo, algas, detritus...
Esto es si puedes mantener los dos acuarios a la vez, sino... No queda otra que hacerlo al estilo del compañero Jovian.